En 1.499 el cardenal Cisneros funda la Universidad de Alcalá de Henares. La primitiva fundación se componía de un colegio mayor, el de San Ildefonso, y un conjunto de colegios menores dependientes de él, cuyo numero se fue ampliando hasta llegar a cuarenta en el s. XVII. La institución fue trasladada a Madrid en 1.836. En 1977 la Universidad retorna a Alcalá y el edificio del Colegio Mayor recupera su antiguo uso como rectorado.
Capilla de San Ildefonso La fachada principal fue realizada en 1.553 por Rodrigo Gil de Hontañón en piedra dorada de Tamajón (Guadalajara. En ella destacan las figuras de los dos atlantes, los alabarderos a ambos lados del ventanal de la biblioteca, el grandioso escudo de Carlos V, la figura de Dios Padre Creador y, en definitiva medallones, columnas, ventanales y escultura del Plateresco. El interior se compone de varios patios, entre los que destaca el de Sto. Tomás de Villanueva -de estilo herreriano y terminado de construir en 1.662 sobre planos de Juan Gómez de Mora-, y el Patio Trilingüe (numero 22 en el plano) antigua escuela de latín, griego y hebreo, y hoy en día sede de la "Hostería del Estudiante", perteneciente a la Red de Paradores de Turismo.
El Paraninfo, antigua Aula Magna de la Universidad, es el escenario donde todos los años, 23 de abril, Sus Majestades los Reyes de España entregan el Premio Cervantes de Literatura. La sala, construida hacia 1.520, se cubre con un bellísimo artesonado de estilo Mudéjar y los muros están decorados con yeserias platerescas.
La Capilla de San Ildefonso (numero 16 en el plano), que data de 1.510, es el edificio más antiguo del conjunto universitario. Con una decoración similar a la del Paraninfo, yeserias y artesonados, alberga el sepulcro del Cardenal Cisneros, labrado en mármol de Carrara y obra de Doménico Fancelli y Bartolomé Ordóñez.