En los siglos XII y XIII aparece escrito como "Covexa", "Covessa", "Cobessa", "Alcobieca" y "Cobeixa"; en el siglo XV aparece como "Cobeza" y "Cobeja"; en el siglo XVII aparece como "Couesa". Se piensa que es un diminutivo despectivo de cueva, viniendo a significar "covacha", "covachuela".
Al consagrar el obispo don Bernardo la mezquita mayor de Toledo, convirtiéndola en iglesia de Santa María, la dotó el rey Alfonso VI, en una reunión de la curia, en 1806, con las villas de Cobeja, Almonacid, Alcolea del Tajo, Cabañas de la Sagra, Brihuega y otras tierras y molinos. Se cita de nuevo esta villa en documentos mozárabes toledanos, a partir del 1173. Tenía un fuero especial en las ventas de las fincas, tal vez por ser alquería de la Catedral.