La iglesia del siglo XVIII, de planta de cruz latina típica de las construcciones jesuíticas,antigua capilla del Pilar en su colegio, acoge un interior barroco profusamente decorado con yeserías. El retablo mayor cuenta con una talla de San Juan Bautista procedente de un retablo de los escultores Damián Forment y Juan de Moreto,de la desaparecida iglesia de S. Juan de Vallupie y está realizada entre 1534 y 1536. Deexcepcional interés son cuatro pinturas atribuidas a Goya, en lienzosobre soporte de madera, en las pechinas de la iglesia.
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