Se trata de una impresionante iglesia-fortaleza del siglo XIII. Es de estilo románico transición al gótico. Las dos portadas románicas son obra del taller del Maestro Agüero o Maestro de San Juan de la Peña y son de una gran riqueza narrativa. Destaca del exterior el coronamiento de almenas de la torre. En el interior destaca el retablo mayor, fechado entre 1438 y 1476. Lo comenzó a pintar Blasco de Grañén, siendo este retablo una de las obras más importantes realizadas por el artista. Debido a su muerte, la finalización del mismo tuvo que ser llevada a cabo por su sobrino y discípulo Martín de Soria. Es de estilo gótico internacional en el banco y gótico hispano flamenco en el resto del cuerpo. Hay varias capillas dedicadas al Santo Cristo, a la Inmaculada, a San Mateo, a María Magdalena, al Sagrado Corazón, a la Virgen del Pilar y a la Sagrada Familia. En el siglo XVIII se añadió la capilla de El Voto para recordar la curación de una epidemia de cólera que los ejeanos le atribuyeron a la Purísima Concepción. Hay cuatro lienzos de Luis Muñoz (1804) que recogen todo lo que ocurrió.