En el siglo XIII, sería vendida al monasterio de Piedra hasta que fue recuperada como señorío por Jaime I.
A partir de entonces, se convertiría en feudo de los Azagra (1257-1366) siendo D. Sancho su primer Señor particular. En 1366 se quebró la dinastía varonil siendo Señora de Villafeliche Dª. Emilia Ruiz de Azagra (casada con D. Fernán López de Luna, cuñada de Martín I el Humano, rey de Aragón). Entre sus sucesores, se puede destacar a D. Francisco de Miguel de los Cobos, con quien entre 1609-1610, fueron expulsados los moriscos bajo mandato de Felipe III. De Villafeliche salieron unas trescientas familias, quedando a unas setenta. Aunque la villa no tardaría en repoblarse de nuevo.
Villafeliche conserva su morfología medieval. En la Edad Media se formó un núcleo de población musulmana que habitó la ladera sur del cerro del castillo, en torno a la mezquita y que, convertida obligatoriamente en 1526, siguió ocupando la misma parte de la villa.
A principios del siglo XVII, la población estaba distribuida en dos barrios: el barrio de los cristianos viejos y el de los nuevos, al que habitualmente se le denomina morería.