Al ser reconquistada en 1177 la ciudad de Cuenca, esta zona de la Alcarria fue englobada en la jurisdicción y Común de la ciudad. Cuando en 1190, Alfonso VIII puso los límites de dicho Concejo, los señalaba en su extremo occidental por Mantiel, Cereceda, La Puerta, Viana, Peralveche, Arbeteta y Escamilla, en la actual provincia de Guadalajara. El Fuero de Cuenca los abarcaba a.todos ellos. El poderoso caballero de la corte de Alfonso XI, don Iñigo López de Orozco, recibió este lugar, por donación real en 1344. A su muerte, en 1377, pasó a su hija doña María. Muy variados cambios de propiedad sufrió Escamilla en los cien años siguientes: esta doña María López casó con Juan Rodríguez de Castañeda, teniendo un hijo, Juan Rodríguez, a quien vino este pueblo en herencia.
Ya en el siglo XV lo poseían don Enrique Enríquez y su esposa doña María de Guzmán, quienes lo cambiaron, por la villa de Alba de Liste, a un tal Alvaro de Luna, hijo del arcediano de Niebla, primo del condestable de Castilla del mismo nombre. Lo heredó su primogénito don Juan de Luna, y luego su hermano don Alvaro de Luna, cura de Tragacete, aun más tarde doña Contesina, su hermana que se lo ganó en pleito; esta dama lo vendió a su hijastro don Pedro Gómez Manrique, y éste, finalmente, en la cantidad de 3.350.000 maravedíes, pagaderos en tres plazos, lo vendió en 1498 a don Juan de Silva, conde de Cifuentes. De esta rama familiar pasó a la de los duques de Pastrana, y luego a la de los del Infantado, en cuyo poder se mantuvo hasta el siglo XIX. En lo más alto del pueblo aparecen las ruinas del antiguo castillo medieval, que daba mayor importancia estratégica al lugar. Se constituye por un recinto cuadrado con dos cubos en las esquinas norteñas, otro bastante mayor al sudoeste, y adosada a la cuarta esquina la torre del homenaje dividida interiormente en tres pisos más la plataforma almenada, que se halla en buen estado de conservación. Muestra detalles de su construcción (saetera, portones, aparejo) propios del siglo XIV o del XV. En el XIX fue destruido por los franceses.
La iglesia parroquial es obra notable de la arquitectura neoclásica. Destacan al exterior sus fachadas de mediodía y poniente, así como la magnífica torre. Consta esta de cuatro cuerpos, y se sitúa en el ángulo noroccidental del templo.
El primer cuerpo se forma de lisos paramentos, con aspillerada ventana al norte y puerta de marcado sabor neoclásico a poniente, con hornacina superior, molduras y adornos geométricos, y buena guarnición de clavos en las hojas.
El segundo cuerpo de la torre se inicia con cuatro remates geométricos en las esquinas que condicionan la planta octogonal de dicho cuerpo. Sobre volada cornisa asienta el tercer cuerpo, en el que se abren los cuatro huecos para las campanas. En el cuarto cuerpo aparece una balaustrada rematada en florones rodeando el elemento central, octogonal y con huecos, que se eleva a base de repetidas molduras, pináculos y otros elementos hasta rematar en una figura de hierro, la Giralda?, gigantesca veleta acerca de la cual existe curiosa leyenda popular que la liga al Mambrú de Arbeteta, similar adorno de su parroquia. La fachada principal es obra muy sencilla de estilo neoclásico: consta de arco semicircular, muy elevado, flanqueado por muros en los que apoyan sendos pares de columnas, rematando todo en arquitrabe moldurado con dentellones, y en su centro una gran hornacina vacía. Todo el conjunto está construido en buena piedra blanca, de sillería, consiguiendo un efecto único de majestuosidad que la hace figurar por derecho propio entre las más destacadas iglesias de la provincia de Guadalajara.
Su interior es también de gran interés: consta de tres naves, más alta la central que las laterales, cubierta aquella por bóveda de crucería cuyos arcos surgen de gruesos pilares cilíndricos rematados en capiteles historiados, en los que aparecen ángeles y figuras bíblicas, modernamente coloreadas. Coro alto a los pies; crucero rematado en gran cúpula semiesférica en cuyas pechinas aparecen pintados los cuatro evangelistas; toda ella se decora con yesería barroca policromada. En la pared del fondo del elevado presbiterio se ve un retablo mayor, de que sólo subsiste en su parte superior. De talla en madera, es de fines del siglo XVII. En su predela aparecen diversas figuras de santas entre las que destacan las de Santa Agueda y Santa Lucía. Al centro, una tabla antigua con la imagen de Cristo. Sobre ello, un cuerpo de columnas que sostienen friso muy barroco y encima la parte pictórica y escultórica más interesante: la talla central de Santiago Apóstol se escolta de dos buenos lienzos representando el Nacimiento de Cristo y una escena de la Pasión (el Prendimiento). El Padre Eterno, en talla, remata el conjunto. En la nave de la Epístola se conservan dos altares: uno barroco, con pequeña imagen de la Virgen del Pilar, y otro de las insignias de la Pasión, fechado en 1531, y construido a expensas de la Cofradía de dicho título, con escudos de la casa de Saboya y figuras de santos: San Francisco y Santo Domingo, así como una sede representando ángeles que sostienen los emblemas de la Pasión.
En la nave principal hay un retablo del calvario, con un Cristo muy interesante, talla del siglo XVIII en sus comienzos. Otro retablo es el de San Francisco Xavier, hecho en 1720. En cuanto a los autores de esta obra magnífica, sólo puede colegirse de la época de su terminación (aparece la fecha de 1774 en el último cuerpo de la torre) y del reinado de Carlos III en que se hace, que pudiera tratarse de un diseño de Ventura Rodríguez o Juan de Villanueva, aunque es posible que tanto la torre como el templo sea obra del arquitecto Fando.
De las murallas que se sabe rodeaban totalmente al pueblo quedan muy escasos aunque visibles restos. Podría reconstruirse topográficamente el recorrido de dicha muralla, que cercaba al lugar, muy pequeño, en la Edad Media. Por el pueblo se reparten algunas interesantes casonas nobiliarias. En una se ve sobre la puerta el escudo de la Orden de Calatrava. En otra, la de los Antelos, de magnífica portada de sillería, con portón adovelado y muchos ventanales, el escudo está machacado. En su interior se conservan algunos artesonados del siglo XVI. Del antiguo convento de franciscanos de Santa María de los Angeles, sólo quedan escasísimas ruinas en las afueras del templo. El señor de la villa, don Fernando de Silva, conde de Cifuentes, fundó en 1525 una casa para frailes franciscanos recoletos, que vivió precariamente, sostenido por las limosnas de los condes y de las buenas gentes del pueblo y la comarca, hasta la desamortización de 1835.