En suave y ancho valle del llamado "arroyo de las Dueñas" que va a dar en el Henares, y que se encuentra muy bien aprovechado en cuanto a regadío y explotación agrícola, asienta el lugar de Málaga del Fresno. El nombre de este pueblo, como el de su vecino Malaguilla, parece ser que quiere derivar de la voz "lugar salobre" en árabe, aunque hoy no se conoce manantial ni yacimien-to que pudiera ser causa del apelativo. De su historia cabe reseñar que perteneció al alfoz o tierra de Guadalajara desde que ésta se constituyó tras la reconquista de la zona en el siglo XI, usando el Fuero asignado a la ciudad por los monarcas castellanos. En dicha jurisdicción siguió hasta fineles del siglo XVI, en que se eximió de la misma, y desde entonces tuvo el título de Villa, recono-ciendo solamente el directo señorío de Rey. Los duques del Infantado tuvieron grandes y productivas posesiones en su término incluso con caleras propias de donde sacaban material para sus contrucciones, así como dehesa, leñas, etc., al frente de lo cual estaba un administrdor general. Pero nunca llegaron a ostentar señorío ni jurisdicción sobre la Villa. La iglesia parroquial es una interesante obra del siglo XVI, en la que se hace evidente su inacabamiento respecto a los iniciales proyectos. La monumentalidad de su crucero y capilla mayor, que al exterior son de fábrica de sillar y sillarejo, con gran altura de muros y contrafuertes, y bóvedas de nervaturas muy elegantes, no cuadra con el resto de la fábrica de nave y hastial de poniente, hecho a base de ladrillo y mampuesto con sillar solamente en las esquinas, y menos altura que lo inicial. Nada de notable conserva su interior. El proyecto e inicio de las obras de este templo se deben al maestro Pedro de Medinilla, quien contrató la obra hacia mediados del siglo XVI. Posterior-men-te, y puesto que las obras iban muy lentas, y en un par de decenas de años sólo se había levantado la cabecera del templo, colaboró en la obra el maestro montañés Juan de Ballesteros, en 1574, terminando el edificio poco después. La piedra sillar fue traída de Tamajón por el cantero Pedro de Lezcano, poniéndose el resto del material procedente del entorno. Al hacer unas obras de reforma en 1976, se encontró guardada en un muro una bella talla románica, en madera, de la Virgen María. De muy antigua tradición en Málaga del Fresno es la fabricación de ladrillos y rejas.
También todo lo relacionado con la alfarería tuvo un gran auge. Se producían, hasta fecha reciente, un buen número de objetos de alfar, como baldosas (utilizadas sobre todo para construir hornos de pan), barreños, bebederos, botijos y botijas, huchas, congilones, cántaros, cazuelas para asar, encellas (para hacer el requesón), fuentes, jarros, macetas con borde decorado ?a pellizcos? ollas, medidas de vino, platos tortilleros, queseras, y pucheros, tarros de ordeño, tinajas de hasta 4 arrobas, tubos y vinagreras.