La reina doña Estefanía, viuda de don García el de Nájera, lega en el año 1006 a su hijo don Sancho el de Peñalén el lugar llamado Frechuela, que parece ser la actual Ribafrecha.
En la visita eclesiástica que el obispo Funes de Nájera y Calahorra hacía a las iglesias de su diócesis el año 1153, estando en Ribafrecha y Leza fue muerto alevosamente por unos clérigos y sepultado en el cercano monasterio de San Prudencio del Monte Laturce. Allí se le veneró como santo. Este monasterio, hoy completamente en ruinas, está muy cercano a Ribafrecha y conserva, en un marco natural muy hermoso, algunos arcos y paños de los muros de su iglesia. El monasterio de San Prudencio del Monte Laturce sufrió los avatares del siglo XIX y de su magnificencia hoy solo quedan románticas ruinas.
De Ribafrecha hay noticias en el siglo XV año 1498, con motivo de las desavenencias entre las casas de Manrique -señores de Navarrete- y los Arellanos, -señores de los Cameros-. Los de Navarrete arrasaron unas obras fortificadas que habían levantado los de Entrena, en represalia, los de Clavijo y Lagunilla que eran partidarios de los Arellanos talaron el término de Ribafrecha, que pertenecía a los Manrique. Luchas de banderías que los Reyes Católicos cortaron por lo sano imponiendo su férrea autoridad a fuerza de desmochar torres y derribar castillos.
Los señores que disputaban vidas y heredades en estos pueblos vieron drásticamente mermado su poder.
La guerra del 36 pasó por esta comarca haciendo estragos en la población civil y el pueblo de Ribafrecha que es agradecido, deja constancia en la plaza, con una inscripción, su agradecimiento a Florentino Hurtado Blanco, cura que fue de esta parroquia en momentos difíciles.
Según los troncheros que vivieron el horror de la Guerra Civil decían que por él no mataron a nadie cuando en pueblos vecinos se sufrió las cárceles y fusilamientos.